団体が資産を持てる

　車両、事業用不動産といった活動に必要な資産はもとより、山林を取得し自然保護を推進するなど活動の目的に沿った形で、団体として資産を取得することが可能となります。そのため、大規模な公益事業を推進することも可能となります。

代表者の交代が円滑になる

　ＮＰＯ法人は、団体が資産を保有できるため、任意団体のように代表者交代の度に各種資産の名義変更をする必要がなく、円滑に代表者を交代させることが可能となります。また、任意団体では代表者が死亡された場合には、その資産は代表者の家族が相続することとなり、団体の資産が消滅してしまう恐れもありますが、法人化することにより団体の資産がそのまま団体に残すことができるようになります。

資金調達のチャンスが広がる

　現在、国や各地方公共団体、公的金融機関等が積極的にＮＰＯの支援に取り組んでおり、各種助成金、補助金等の対象にＮＰＯ法人はなることが多くなっています。また、ＮＰＯ法人への寄付金に対して税制上の優遇措置（認定ＮＰＯの条件が必要）があるため、寄付が受けやすくなっております。そのため、ＮＰＯ法人を設立することにより、任意団体では不可能な量の資金を調達することが可能性が広がります。

公共事業への参加の機会を得ることができる

　現在、国や地方公共団体においては、主に福祉関係の仕事を中心に、事業をＮＰＯに発注するケースが増加してきております。入札参加申請の対象にもなり、国や地方公共団体の発注を受けて公共事業に参加することが可能となります。そのため、社会の一翼として重要な事業に参加するチャンスが広がります。

節税が可能

　個人事業の場合、累進課税といって所得（売り上げから原価や経費を引いた額）の額が高くなればなるほど税率もアップするしくみになっています。これに住民税と事業税を合わせると、最高で所得の67％が税金となります。一方、法人の場合、法人税は年間800万円以下の部分について22％、それ以上の部分について30%と簡素化されています。また、これに法人住民税と法人事業税を合わせても税金は最高で所得の約55％程度ですみます。さらに、NPO法人の場合、収益事業をしない団体にいたっては、非課税となりますので、通常の会社法人に比べても比較にならないほどの節税対策が可能です。

従業員を雇える

　ＮＰＯ法人は、各種活動を行うために必要な職員を雇用することができます。例えば、本部で事務を行う職員、介護活動を行う介護士、各種教室で指導にあたる教官などを雇い、きちんとした給料や報酬を払うことができます。もちろん、厚生年金や健康保険、雇用保険にも加入しなければいけません。ボランティアだけに頼らない組織的な活動ができるようになる他、雇用の受け皿としての社会的役目を務めることもできます。

社会的信用が高まる

　法人設立により、権利・義務の主体が明確になるため、各種取引における信用が高まるのはもちろんのこと、政府や都道府県の認証を受けたＮＰＯ法人ということで、組織内容や活動内容で実績を積み上げれば高い信用を得ることができます。

活動内容に制約がある

　ＮＰＯ法人化により、総会又は理事会での合意が必要になり、任意団体の時のように、思いついたらすぐに行動するといった、機敏な活動ができなくなる恐れはあります。また、事業内容は定款の制約を受け、事業内容を変更しようとすると定款の変更が必要になります。定款変更のためには、会員の総会を開いて決議をし、さらに所轄庁認証を得る必要があります。すぐに変更できるわけではありません。また、宗教や、特定の公人を推する活動（選挙活動等）はＮＰＯ法上、禁止されています。

厳正な事務処理が必要

　経理は、正規の簿記の原則に基づいて処理を行う必要があります。よって、ある程度の知識を持った経理担当者が必要になるか、税理士等に経理を代行してもらう必要があります。
また、事業所開設に伴い、法人としての各種の届出、手続きも必要ですし、当然変更するときは何ヵ所にも足を運ぶことになります。

税務申告義務がある

　従来、存在すら分からなかった団体が、法人化することによって納税主体として税務署に認知されますので、当然のことながら、法人として税務申告義務が生ずることになります。ただし、収益事業をしない団体は法人税の対象ではないため、税務申告はもちろん、税務署への届出も必要ありません。しかし、税務署が税法上の収益事業と判断した非営利事業は、法人税の対象となります。 また、法人住民税（約７万円）はすべての法人にかかってきますが、収益事業をしない団体は免除されることがあります。そのためには毎年4月に減免のための手続きをする必要があります。

設立に時間が掛かる

　会社法人と比べて設立するのに時間がかかります。（会社法人は１ヶ月ほどで設立できますが、ＮＰＯ法人は最低４ヶ月ほどかかります）

情報開示が必要

　毎年、事業報告書や収支計算書などの資料の備え付けと、その資料の情報公開が義務づけられ、今までは表に出さなかった書類も万人に閲覧されることになります。

財産の名義変更に問題がある

　今まで任意団体が所有してきた様々な財産についても、名義を変更しなければなりません。例えば、不動産の場合、名義を変えるためにはいくつかの税金がかかります。その他、自動車や事務所、さらに借入金なども、名義を変更する際にはそれぞれ手続きが必要です。